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【原】RNA-Seq数据用aspera高效批量下载(万事开头难)

【原】RNA-Seq数据用aspera高效批量下载(万事开头难)

学完了生信技能树的转录组课程,是时候实战一波了,我选择的是 NCBI数据集是SRP033333

这10个批量处理的PPT技巧,让你的效率提升100倍!

职场中要学的PPT技能,不一定是为了漂亮、炫酷,更是为了高效、省时。在职场中脱颖而出的秘密或许并没有那么麻烦,对同样一件事,别人用一小时完成,你用一分钟能完成,你就是超级人才。今天,就为各位总结了PPT中的10大批量处理的技巧,提升你的制作效率!文本批量快速排版:文本转SmartArt众所周知SmartArt是PPT中一个比较高效的工具,但这个工具归在「插入」中,在以往的做法中,很多人一般都是先插入一个SmartArt图形,然后在里面敲字。有时候也可能已经有了一段文本,大部分人也是先点击插入一个 更多

由于是EBI数据库,用wget下载速度太慢,Jimmy大神强烈建议用aspera工具下载,于是参考生信技能树教程代码,首先需要熟悉GEO和SRA数据库:

然后参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据  , 需要自行配置好,然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件。使用conda安装aspera

我用EBI主页搜索SRR号搜索到项目链接,下载fastq或sra数据,这里就直接下载fq数据。

单个样本fq下载

找到单个样本的链接很容易:

(base) vip31@tpm2-WD12:~/RNA_Seq/sra$ ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/003/SRR1039773/SRR1039773_1.fastq.gz ~/RNA_Seq/sra/

需要进行如下操作:

这样就拿到了如下所示的全部下载链接,可以使用循环进行批量下载啦:

cat filereport_read_run_PRJNA229893_tsv.txt | while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$id ~/RNA_Seq/sra/; done

nohup cat filereport_read_run_PRJNA229893_tsv.txt | while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$id ~/RNA_Seq/sra/; done &

数据下载完成

万里长征第一步终于搞定,看教程很容易,自己操作困难重重,还好有jimmy老师团队倾心相助。

这10个批量处理的PPT技巧,让你的效率提升100倍!

职场中要学的PPT技能,不一定是为了漂亮、炫酷,更是为了高效、省时。在职场中脱颖而出的秘密或许并没有那么麻烦,对同样一件事,别人用一小时完成,你用一分钟能完成,你就是超级人才。今天,就为各位总结了PPT中的10大批量处理的技巧,提升你的制作效率!文本批量快速排版:文本转SmartArt众所周知SmartArt是PPT中一个比较高效的工具,但这个工具归在「插入」中,在以往的做法中,很多人一般都是先插入一个SmartArt图形,然后在里面敲字。有时候也可能已经有了一段文本,大部分人也是先点击插入一个 更多

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