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【原】快来使用ggheatmap强化你的热图吧!

【原】快来使用ggheatmap强化你的热图吧!

创作原因

手机投屏到智能电视 你知道哪几种方法?

微信群中、朋友圈里看到了一个搞笑的视频,该如何分享出来呢?一般情况下,可能大部分人都是在朋友圈中进行转发,但是如果是在聚会的时候,这样的转发可能就不太适宜了,这时候你需要的是找一台智能电视,然后将手机投屏到智能电视上。但是如何连接智能电视进行投屏呢?笔者这就介绍几咱方法告诉给大家。(如何才能比较畅快的投屏到智能电视上?)1、DLAN或AirPlay当下的手机都支持DLNA或AirPlay功能,简单地说,就是相当于PC中的网上邻居的功能,允许一台设备直接访问在同一网络中的其他设备的图像声音和视频资 更多

用法

参数

可视化

综合示例

结语

目前最为常见的热图绘制R包,主要包括pheatmap和ComplexHeatmap(仅个人使用习惯)。它们强大的功能,基本可以满足所有科研人员的绘图需求。ggplot2的操作灵活性和优秀度是毋庸置疑的,也因此许多绘图包都基本需要ggplot2作为操作对象。为了开发一个基于ggplot2的热图绘制R包,我们开发了ggheatmap包,主要为了解决热图的拼图问题以及热图与ggplot2对象的灵活衔接。

链接:https://github.com/XiaoLuo-boy/ggheatmap

说明:由于是随机模拟数据,故每次运行的结果都有所不同。为了验证结果,可以利用pheatmap包进行验证绘图结果的准确性(不一定与本文相同)。

说明:默认不对行、列聚类

说明:默认不标准化

说明:默认图例标题为“Express”,NULL将去除图例标题

说明:标签可以自由设置角度,以及水平和垂直调整。同时也支持更换标签的位置改变。

说明:标签的颜色或者字体可以是单个字符,也可以是多个同等长度的字符,以实现特定标签展示。比如特异展示标志基因等等

说明:ggheatmap支持特定标签的展示,输入原数据存在的行名或者列名,即可展示所需要展示的基因。

说明:只有不进行行、列聚类时,该设置才有意义

说明:show_cluster_cols或show_cluster_rows必须展示,高度才有设置的意义

说明:同上,show_cluster_cols或show_cluster_rows必须展示

说明:注释的方式基本同pheatmap

情景:假设在绘制热图的时候,一方面,基因的数量太多;另一方面,你希望展示研究基因在不同样本的表达情况。

Example1

Example2

本R包的优势是:1.比较灵活的标签设置;2.实现了heatmap与ggplot2绘图系统的联动,有助于拼图等操作;3.简单易于操作;4.聚类树可视化的优化。

本R依赖了ggplot2、ggpubr、aplot、factoextra、grDevices、stats、tibble、tidyr等R包。作为一名R语言爱好者和生信小白,真心地感激各位开发前辈的无私付出。秉承着“尊重知识,致敬原创”的原则,对于aplot包,作者已经获得余老师的许可。

此外,作为一名医学生,在学习生信和R语言的过程中,实实在在遇到过很多困难。在此特别感激“生信技能树”团队的健明老师及其他老师为众多生信小白的付出。无论是推文教程亦或线上交流群,还是公开课都能够见证各位老师对后辈的关心和照顾。

手机投屏到智能电视 你知道哪几种方法?

微信群中、朋友圈里看到了一个搞笑的视频,该如何分享出来呢?一般情况下,可能大部分人都是在朋友圈中进行转发,但是如果是在聚会的时候,这样的转发可能就不太适宜了,这时候你需要的是找一台智能电视,然后将手机投屏到智能电视上。但是如何连接智能电视进行投屏呢?笔者这就介绍几咱方法告诉给大家。(如何才能比较畅快的投屏到智能电视上?)1、DLAN或AirPlay当下的手机都支持DLNA或AirPlay功能,简单地说,就是相当于PC中的网上邻居的功能,允许一台设备直接访问在同一网络中的其他设备的图像声音和视频资 更多

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