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【原】单细胞RNA-seq揭示TNBC的异质性(图表复现01)

【原】单细胞RNA-seq揭示TNBC的异质性(图表复现01)

三阴性乳腺癌(TNBC)是一种侵袭性亚型,其特征是肿瘤内广泛的异质性。为了研究其潜在的生物学特性,作者对6个原代TNBC的1500个细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。并且发现每个肿瘤细胞间基因表达程序的异质性是可变的,并且很大程度上与推断基因组拷贝数变化的克隆性相关,表明基因型驱动个体亚群的基因表达表型。基因表达谱的聚类识别出多种肿瘤共有的不同的恶性细胞亚群,包括与多种治疗耐药和转移特征相关的单一亚群,并通过激活糖鞘脂代谢和相关的先天免疫途径来表征功能。一个定义该亚群的新特征预测了一个大队列中TNBC患者的长期预后。总的来说,该分析揭示了TNBC的功能异质性及其与基因组进化的关联,并揭示了导致该疾病预后不良的未预料到的生物学原理。

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三分钟教你如何快速熟悉电脑,怎样快速准确的熟悉键盘打字以及快捷键的使用

之前的几篇文章说了一下电脑的快捷键,很多朋友回复我很有用处。希望我能多发点关于如何使用电脑的知识,能用一种很简单的方法记住这些使用电脑的技巧。怎么说呢!凡事只要你努力,就没有你办不到的事。下面下边总结了一下如何快速的熟悉电脑,让你分分钟对电脑有一个全新的认识。如何运用一个台式电脑或者笔记本,首先你要知道电脑的组成部件有哪些?光说外表的话,一个电脑无非就是一个显示屏和一个键盘。显示屏你用眼去看就行,但是键盘你一定要了解。因为你的所有意向和操作都是通过电脑的键盘传输出去的,所以说电脑的键盘也是一个电 更多

在文末提供了可用数据GSE118390,并且作者也在其github账号中提供了文章中所用的代码与其他实验数据

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这样Fig1b就完成了,未完待续……

我个人的理解是对于提供代码的文献要特别学习一下,因为作者好心提供原始数据和代码的机会并不多,在复现作者的代码过程中你可以学习到作者编程中的优美布局,如何将复杂的代码简化,这些都是学习的重点。了解后也可以试着调整参数对于结果进行优化,最终将所学的知识融会贯通。

在这个作者使用了原来的集群文件,我感觉也可以利用Monncle进行一下后续分析探索,观察一下是否会出现一些有趣的结论

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这里会出现六张图片,分别对应六位患者(篇幅原因只显示正文中的两张)

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